L'élimination des boues est souvent négligée dans le Rhône, faute de filières pérennes à disposition des collectivités.
Les collectivités et leurs exploitants choisissent fréquemment de transporter les boues, et de les incinérer à Pierre-Bénite, ou de les composter à l'extérieur du département.
Ainsi, 6% des boues produites dans le département (ou 31% si l'on exclut celles du Grand Lyon) sont épandues en agriculture, la moyenne nationale étant de 64%.
Dans ce contexte, le Département a engagé en 2008 la réalisation d'un schéma départemental, afin de fournir aux collectivités un outil d'aide à la décision pour la gestion des déchets de l'assainissement. Il a bénéficié de l'aide financière de l'agence de l'eau à hauteur de 50%.
Par ailleurs, la mise en place des services publics d'assainissement non collectif (SPANC) conduit à des contrôles des installations des particuliers qui doivent notamment, pour être en conformité, faire vidanger leur fosse toutes eaux régulièrement.
Les matières de vidange ainsi collectées doivent être traitées. Peu d'installations de dépotage sont actuellement disponibles dans le département.
La plupart des sous-produits de l'assainissement trouvent un débouché à la station d'épuration de Pierre-Bénite. Or, cette solution n'est pas pérenne et elle est onéreuse en coûts de traitement et en coûts de transport.
Le schéma départemental propose des solutions de traitement pour l'ensemble des sous-produits de l'assainissement :
Collectivités, exploitants, professionnels, services de l'État et financeurs (agence de l'eau, ADEME, Région) ont été associés pour proposer des solutions de traitement, fondées sur trois principes :
Le schéma estime les productions de déchets à l'horizon 2030, en se fondant sur les évolutions prévisibles de population, et des traitements d'eau.
Afin de favoriser la réalisation des préconisations du schéma et notamment pour inciter les collectivités à réaliser les équipements nécessaires pour offrir des solutions pérennes aux boues et sous-produits actuellement sans solution et faire face à la production de déchets à l'horizon 2030, le Conseil général a voté, dans sa séance du 13 mars 2009, une aide de 50% aux collectivités pour la réalisation des équipements prévus dans le schéma départemental.

