L'administration départementale compte une cinquantaine de services et une cinquantaine de Maisons du Rhône. Son organisation est en constante évolution pour prendre en compte les changements du contexte que connaissent les Départements, les nouveaux dispositifs et les nouvelles compétences à intégrer.
L'organisation actuelle, fruit d'une série de réorganisations et objet d'adaptations constantes, s'appuie sur des services centraux forts (localisés à proximité plus ou moins immédiate de l'Hôtel du Département) et des services territorialisés dans chaque canton.
Par la déconcentration de ses services, le Département du Rhône a choisi de développer la solidarité sur l'ensemble du territoire départemental. Ainsi, ses Maisons du Rhône (MdR) offrent un guichet unique de proximité qui donne accès à l'ensemble de ses compétences à tous les citoyens rhodaniens quel que soit leur lieu de résidence.
Cette organisation territoriale est donc une particularité du Rhône car la déconcentration des compétences a été poussée dans tous les domaines d'intervention et à une échelle fine de territoire.
Au 31 décembre 2010, le Département du Rhône comptait 5 603 agents dont :
En effet, depuis le 1er janvier 2007, les transferts liés à la décentralisation des personnels de la DDE, de la COTOREP, de la CDES et de l'Éducation nationale avec les TOS dans les collèges sont effectifs.
En outre depuis le 1er janvier 2010, 85 agents du parc de l'équipement ont été transférés au Département. Pour faire face aux impératifs opérationnels de la viabilité hivernale, ce transfert est intervenu effectivement le 1er novembre 2009. Une trentaine de ces agents ont été répartis dans les MdR pour renforcer les équipes des centres d'exploitation, 25 rattachés au niveau central avec la création d'un groupe renfort exploitation, les 30 autres mis à disposition du SDIS pour l'entretien des véhicules.
Ainsi, plus de 1400 agents supplémentaires ont rejoint les services départementaux et ont été affectés, pour la grande majorité, sur les territoires.