L'administration départementale compte une cinquantaine de services et une cinquantaine d'unités territoriales (UT). Son organisation est en constante évolution pour prendre en compte les changements du contexte que connaissent les départements, les nouveaux dispositifs et les nouvelles compétences à intégrer.
L'organisation actuelle, fruit d'une série de réorganisations et objet d'adaptations constantes, s'appuie sur des services centraux forts (localisés à proximité plus ou moins immédiate de l'Hôtel du Département) et des services territorialisés dans chaque canton.
Par la déconcentration de ses services, le Département du Rhône a choisi de développer la solidarité sur l'ensemble du territoire départemental. Ainsi, ses Maisons du Rhône (MDR) offrent un guichet unique de proximité qui donne accès à l'ensemble de ses compétences à tous les citoyens rhodaniens, quel que soit leur lieu de résidence.
Cette organisation territoriale est donc une particularité du Rhône car la déconcentration des compétences a été poussée dans tous les domaines d'intervention et à une échelle fine de territoire.
En juillet 2006, le Département du Rhône comptait plus de 4 200 personnes dans les services :
Depuis le 1er janvier 2007, les transferts liés à la décentralisation des personnels de la DDE, de la COTOREP, de la CDES et de l'Éducation nationale avec les Techniciens et ouvriers de service (TOS) dans les collèges sont effectifs.
Aujourd'hui, le Département compte donc plus de 5500 personnes avec près de 1400 agents supplémentaires dont 970 TOS et 379 agents de la DDE.